Izravno upravljanje
Europska komisija upravlja proračunom kada projekte provode njezini odjeli, ili u sjedištu Komisije ili delegacijama EU-a ili putem izvršnih agencija EU-a. Upravljanje obuhvaća dodjelu bespovratnih sredstava, prijenos sredstava, praćenje aktivnosti, izbor izvoditelja itd.
Neizravno upravljanje
Programima financiranja neizravno se upravlja kada ih provode partnerske zemlje EU-a, zemlje izvan EU-a, međunarodne organizacije te razvojne agencije zemalja EU-a.